几个电脑程序设计师请小五郎帮忙寻找他们失踪的伙伴--板仓，CONAN和小五郎他们找到了已死的板仓.设计师之一告诉小五郎他们一个“长胡子，关西口音，浑身黑色装束”的人曾来恐吓板仓说“你已经没有利用的价值了！”CONAN判定此人便是“黑之组织”成员之一的迪奇拉（即“酒店爆炸案”中被GIN灭口的那人，他打开手提箱时引爆了炸弹）......最后CONAN找到了真凶，并发现了板仓的日记磁盘，CONAN复制了板仓的磁盘，得到“黑之组织”的秘密资料（有小哀不为人知的资料吗？）......在和小兰回家的路上他们意外地碰上了赤井，到底又将发生什么呢？

另外：北子不是女孩子，我是男孩，为什么会认为我是女孩子呢？！