柯南渐渐发现有人正在密切注视他 知道有一天 听说兰被绑架了 柯南自然不能撒手不管 灰原冷静劝说不要去 柯南在埋怨灰原之后还是到了约定地点 正当要接近兰的时候 却发现兰手中有一把枪 后面站的是琴和沃卡 原来她并不是被绑架 而是黑暗组织一员!!!! 代号:XX(随你自己安什么酒名拉 白兰地?) 多年来一直在找新一的身份 虽说知道新一仍在人世 但却没有找到他藏身之处(这主要是柯南隐藏的功夫太好了) 如今终于发现了真相 为减少抵抗 于是决定用这个办法 眼看柯南就要不幸 灰原出现 将一把枪交给柯南 很快将琴和沃卡击毙(过程略) 而对兰 柯南却下不了手 这时 兰却毫不念旧情 对柯南频频射击 柯南心灰意冷 准备任由兰射杀 最后 灰原冲出 鼓励新一勇敢活下去 并为他挡住关键一枪 柯南终于觉醒 忍痛将兰击倒 灰原却...临死之前 她告诉柯南 她对这次计划有所警觉 对没能阻止 略感悲伤 但还是没有说什么 只是将aptx4869解药给了柯南 略带着悲伤得离开了人世 柯南想到我认识的人一个一个都离开了我 即使变回去又有什么用 于是将要扔掉 第二天党课南用消沉的眼睛看着窗外的落叶时 首先看到的是步美的脸庞 他鼓励柯南 "我们毕竟还是要永远在一起的" ..............
时间飞逝 10年后看到了 新的侦探情侣......
而此时毛利成为了真正的名侦探


顺便说几句 我对柯南除了主角外 格外注意的就是步美和毛利 所以对他们偏爱一点 我是这样定义毛利的 他除了对女儿参加组织一无所知外 是个不折不扣的名侦探 由于与英里的分手 使得他放弃了做警察和侦探的兴趣 而他的好色迟钝等等都是为了掩饰真正的侦探性格的伪装(没实力也没有那样的知识和那样的推理) 其实心里一直爱着英里(具体见 "嫌疑犯-毛利小五郎")而对于柯南就是新一的事情 也是早就察觉到了 只是没有揭露而已 有时搞搞破坏 教训一下柯南 也都是故意的(!服了你 毛利) 而最后由于黑暗组织这件事(指上面的结局) 在悲痛之余 毛利和英里终于又走到一起了 (不过吃饭毛利最好还是到外面吃.....) 而毛利终于决定恢复自己名侦探的地位
与10年后的柯南 成为一老一少两个名侦探