上
正在做着杀妖除魔的美梦，小李子就被李大娘的锅底拍醒，眼冒金星的还不忘看看自己挖的秘道。这时客栈里来了三个苗族人，上前巴结一下会有不少的好处。大门口躺着个酒鬼，李大娘让李逍遥把他赶走，可是这个醉道士一定要一瓶酒才肯走，没办法！到厨房找到李大娘，将桌上的酒菜送到二楼，但是掺水的劣酒客人看不上，正好派上用场，将酒交给那个道士，一瓶酒下肚道士反而有了精神，并约逍遥半夜在山神庙教逍遥剑法。李大娘又要逍遥到集市上去买虾，出门后邻家妹妹秀兰会送逍遥一双步靴，而姐姐香兰会邀请他去她家喝粥。
到海边集市上，买不到虾却从水生叔和阿四那听说了有关仙灵岛有仙女的事，还没到家就听香兰说李大娘病倒了，急忙赶回家，大夫说大娘的病很严重，小虎子告诉逍遥他曾经到仙灵岛向仙女求仙药的事，逍遥也决心到仙灵岛上走一趟。出门时遇到了那个苗人，他不仅“好心”地告诉逍遥关于仙灵岛的情况和进入水月宫的方法，还送给他一个破天槌和避瘴气的解毒药（忘忧散）。
在海边找到阿四，他答应载逍遥到仙灵岛。来到仙灵岛荷塘边上，在这儿要用破天槌击碎六座阿修罗神像才能通过。在中心小岛上，向西有一座神像，向北有五座，击碎它们之后，踩中心小岛上发亮的石板就会出现道路，在桃林中遇到仙女出浴，一番戏弄后，竟遭天雷劈顶，解释后得知仙女叫赵灵儿，她答应送给逍遥仙药，到水月宫中找到灵儿取得仙药（紫金丹），不想出门时碰到灵儿的姥姥，最后莫名其妙地取了灵儿为妻（傻人有傻福）。次日，逍遥赶回家，给李大娘服药后，由于忘忧散发作丧失了记忆。半夜逍遥想起与醉道人之约，顺自己的地道溜出客栈，可先到香兰家一趟，然后从村子西南围墙缺口出村。在山神庙拜酒剑仙（醉道人）为师，他传授逍遥御剑术后飘然隐去。清晨，逍遥回到客栈，得知苗人放了东西在自己房间，并守在门口，为了满足好奇心，秘道又派上用场了。
打开屋里的麻袋，发现一个姑娘（赵灵儿，逍遥已经失去记忆不认识她），打败苗人后，灵儿拉着逍遥回到仙灵岛，姥姥已被苗人杀害，临终将灵儿托付给逍遥，埋葬姥姥后回到客栈又被拜月教教徒围攻（最好先去山神庙的路上练练功，灵儿升为八级便可学会“旋风咒”，对付拜月教主——小菜），幸亏李大娘身手不凡……
第二天，李大娘让李逍遥送灵儿回苗疆大理，二人乘方老板的船到了苏州。
一上岸就看见一个富家小姐在鞭打两个仆人，逍遥看不过眼，小小的惩戒后，却挨了一剑，幸亏灵儿施展赎魂术才化险为夷。二人在城中的客栈里救了一个叫刘晋元的书生，逍遥与他一见如故，饮酒夜谈到天亮。早上，逍遥带灵儿去街上玩，正好赶上林家堡的千斤比武招亲，来到比武场才发现比武招亲的竟是昨天惩戒的那个富家小姐林月如，“就恨新仇”的情况下逍遥忍不住上台比武，结果又莫名奇妙地被招为婿（真是命犯桃花）。傍晚，逍遥到灵儿房间安慰她，又在花园里见到林月如，之后在正堂见“岳父”林天南。突然有人发现灵儿房里有妖怪，逍遥赶到时看见一个蛇妖破墙而出，灵儿却不见了，逍遥随后追出，在路上遇到林月如，一起杀近附近一个蛇窟，救了一群女孩子却没灵儿的踪迹。顺蛇窟外的山路来到白河村，在韩医仙家里二人发现了生病卧床的灵儿，韩医仙开了一副药方，交给煎药的童子，他让采集六种药材，于是分头行动，名贵的当然交给月如解决（没办法，逍遥可是个穷光蛋啊！）。逍遥可在医仙屋后摘到银杏子，从村民家借钓竿后，在河边能钓到鲤鱼，在村外山上用捕兽夹捉住小鹿得到鹿茸，童子将六种药材制成六神丹后，治好灵儿。为了答谢医仙，三人答应帮助村民剿灭黑水镇的僵尸。
从木桥离开村子，先到玉佛寺收服一个佛珠所化、解错佛经的小和尚。然后，在黑水镇中找到将军墓，用玉佛珠解除符咒即可进入。墓中迷宫较复杂，七绕八拐下可来到将军的棺木前，击败他就会掉入血池地狱，在这儿干掉赤鬼王能得到土灵珠，三人一路用土灵珠遁回白河村。在三人杀妖除魔的时候，村子竟遭匪人洗劫，韩医仙被捆在地上，医仙女儿也被掳走，三人急忙追上鬼阴山。经过数个山洞后，闯进鬼阴坛，结果中计被石长老打败（这里不必尽力战斗），灵儿也被带走。
从鬼阴坛出来，逍遥和月如垂头丧气的走进扬州城。半夜，客栈中竟然闹贼，女飞贼与逍遥一个照面就溜了，二人从后门追上城墙，一交手竟又被她溜掉了，只抢回一个布包。将布包还给客栈隔壁的古董商，他不但不谢，还诬陷二人偷了他的紫金葫芦（好人没好报啊！）。来到刚才女飞贼逃走处的那间房子，主人是寡妇姬三娘，她对逍遥大抛眉眼，气跑了月如。逍遥一直追到城墙上，随后二人发现姬三娘偷偷摸摸地把一个包袱扔进口井里，在井中有很多宝贝，还包括紫金葫芦，没想到二人一出来就让官府来个人赃并获，这个贪官县老爷还想来个屈打成招，无奈之下逍遥只好自己去抓贼了。在姬三娘屋里，找到秘道，再次来到井下，最后将姬三娘生擒回官府，还逍遥清白。
下
从扬州北门出来，一路上到处是癞蛤蟆，路边还发现了被毒死的古董商的尸体，捡起他的包袱。在山洞中遇上一个神秘女子，再次进洞发现她竟是金蟾毒母，打败它们可在大蛤蟆肚子里找到五毒珠（佩带后百毒不侵）。在后山的苗家客店里，盖罗娇迷倒两人之后，与石长老大战一场，结果剑圣赶到杀死石长老并带走灵儿。二人在庙里遇到月如的云姨，她在为儿子刘晋元祈福。众人来到了坐落在京城的刘府。先到后院看望生病的刘晋元，得知他竟有了一个漂亮的妻子—— 彩依。随后二人可到京城里玩一玩。在城中找到古董商的家，送还包袱，他的家人会将紫金葫芦送给逍遥。听河北岸的乞丐哭诉，到怡红院调查一番却不是那么回事。最后，在城中将身上的钱挥霍掉（城中东南有很好的暗器铺），绳几百文给河南岸的乞丐，他向逍遥要一半的钱（幸好身上没几个钱），他会说一些废话。之后，在街上遇见刘府的丫鬟说刘夫人找月如，怎么回事？还不是岳父大人来考验女婿，逍遥只要顶住四五个回合，林天南就会认输（哈哈，美娘子到手啦!）。二人在刘晋元房里偷看，发现彩依并不是凡人，刘夫人决定请道士驱邪，并给了逍遥三万元（用光后可再向云姨要），在酒楼请到道士，结果法力不够，反而被戏弄了一番，而且遭了报应。整个刘府被醉人的花香笼罩，逍遥和月如只好闭气逃出刘府。卫士从门口的河里捞出一个醉鬼，逍遥认出正是传他御剑术的师父酒剑仙（准是没钱付酒帐被人扔到河里），酒剑仙发现刘府有妖气，急忙让逍遥准备蜡烛、符纸、檀香和酒，逍遥在刘府二楼和酒店找齐物品后，酒剑仙在刘府“升坛作法”，可咒语念到一半就睡着了，气得月如独自冲进刘府，逍遥紧跟而去。在花园里，看见月如正和一只大蝴蝶精斗在一起，走进一看才发现是彩依（尽量在限制的几回合内打败她，会得到五千点经验值，失败了也没事），她带走了刘晋元后，来到原来被蜘蛛网封住的丛林（就在林天南考验逍遥时的路上），见到一只很厉害的蜘蛛，打败他后会见到蜘蛛精（不必与它尽力战斗），幸亏酒剑仙赶到杀死蜘蛛精，然后跟着酒剑仙去见剑圣。见到剑圣后来到上面的屋子，发现灵儿的玉佛珠，原来剑圣把灵儿当妖怪打入镇妖塔，逍遥当然要去旧灵儿，便来到镇妖塔。临行前，酒剑仙有感于逍遥的真情，再次传于逍遥酒神咒、醉仙望月步、仙风灵体术等法术，并赠于雷灵珠。然后将二人送出门外。
进入镇妖塔内，二人被传送至塔顶，在这里遇到了镇狱明王。由于他没有责任阻止仙剑派以外的人进入，所以逍遥和月如顺利进入了塔内。在第七层，他们见到了一具穿着仙剑派衣服的死尸，他身旁有一把“七星剑”。拿起“七星剑”，其鬼魂会出现。他认为他们时仙剑派弟子违反门规进入塔内要教训他们。将鬼魂打败后，出现一个姑娘。她是剑仙派前辈（就是那鬼魂）同塔内妖怪所生，逍遥让她一起离开，但被拒绝了。下到第五层，逍遥和月如在路上发现了一个坛子，坛子里竟然有呼救声。打开坛子，谁知放出一个妖怪，其自称是“天鬼皇”，为了报恩，要吃了他二人（这叫什么报恩？）。当然逍遥不会答应这个蠢妖怪的无理要求。于是同妖怪大打出手（这里不必尽力战斗），逍遥想出一个解决办法，不但“天鬼皇”不吃他二人，反而同意将他们送至下一层。走到西北边的铜门旁，“天鬼皇”出现，帮助二人开了门。
在第四层，竟然碰到了一个令人哭笑不得的“沉思鬼”。他要逍遥帮他解决到底应该先迈那只脚，否则不让他们通过。没办法，只有退回原路。还好，在这一层的一个角落里有一个自称“书中仙”的妖怪，他说他能解决“沉思鬼”提出的“鬼”问题。二人带着“书中仙”来找“沉思鬼”，果然“书中仙”巧妙的解决了他的问题，由此进入下一层在经过数层的奋战后，逍遥和月如终于来到第一层。在这里，逍遥发现了被绑在剑柱上的灵儿，逍遥飞身将其救下。经过这一幕，逍遥终于想起了仙灵岛上的经历。突然，镇狱明王出现，他认为灵儿是妖怪，放走会危害人间。没有别的办法，想救灵儿只有用武力解决。打败镇狱明王后，“天鬼皇”带领许多妖怪出现在他们三人面前，要求带他们出去。于是三人根据“书中仙”所说，下到了最底一层。经过了一番努力，终于击毁了支撑镇妖塔的七根蟠龙柱。镇妖塔崩溃!月如为了救逍遥和灵儿被……
剑圣将三人救出后，送至白苗长老“圣姑”家中治疗。逍遥醒了之后，看见月如冰冷的尸体，心中想起了同月如在一起的那段岁月。由于灵儿受伤动了胎气，圣姑要逍遥去找“凤凰蛋壳”和“火麒麟角”做安胎药。
逍遥孤身走出圣姑家（她家中可有很多的东西哟），从旁边的一棵香蕉树上拿到两只香蕉。过桥后向西南方的神木林走去，凤凰蛋就在这神木林的最顶端。
在神木林中逍遥遇到了两只堵路的小猴子，还好刚摘的香蕉可以打发它们。（这里路比较复杂，走的时候一定要有耐心）走到顶端，逍遥同金翅凤凰决战，交战胜利后，逍遥正要取蛋，却突然被一小姑娘将蛋抢走。逍遥急忙追赶，结果掉到树下，小姑娘将他救醒，这时才知她是白苗族族长的女儿“阿奴”。阿奴答应将蛋壳给逍遥，但要逍遥同她一起去一个树洞里偷妖怪的宝物。
阿奴带着逍遥来到树洞，但什么也没发现。原来阿奴是为了找水灵珠，以化解多年来由于干旱导致的两苗的战争。（隐藏情节：在圣姑家附近桥的西北处有一个被雾封住的桃花林，用打败金翅凤凰时得到的风灵珠可以将雾吹散。进入桃花林尽头，逍遥会到一个村子，这个村子里的人全部是桃树精！帮助桃树精打败木道人后，会得到寿葫芦。）
向桥的西北方向走，逍遥和阿奴来到了大理城。两人准备进入城内的火麒麟洞，但守洞士兵不许他们进入。没办法，阿奴只有去找母亲，但白苗族长没有工夫。离开会议厅，两人遇到一个被俘奸细。回到火麒麟洞前，阿奴将门卫骗走，进入洞内。
同火麒麟战斗后，得到火麒麟角。根据火麒麟所说，二人来到女娲神殿。逍遥发现女娲石像的相貌极像灵儿，并上前观察。谁知被进入另一空间，在这儿逍遥见到了灵儿的母亲巫后。她要逍遥去完成一件事情。
逍遥不知不觉被传送至一个郊外，正好看见几个黑苗士兵追杀灵儿和她姥姥。这时逍遥明白他已经穿越时空到达了十年前。逍遥将她们救下，然后又击退几个士兵后换上黑苗士兵的服装。向西走会见到一艘小船，船上的黑苗士兵要逍遥同他一起回王宫。到达王宫后，正看见拜月教主怂恿士兵逼迫巫王杀死巫后。逍遥进入王宫内的地牢，见到巫后。巫后要他去取天蛇杖。逍遥在地下宫殿中遇到了石长老，对其说了巫后交代的一句暗语。取到天蛇杖后，将其交于巫后，正要逃走，却遇到了巫王和拜月教主。巫后带着逍遥逃入水中，不想拜月教主带了水魔兽来追杀。暂时打败水魔兽后，二人逃走（用驱魔香可以暂时避开水魔兽，水魔兽最怕的法术是“雷神”）。但到达出口时，巫后同水魔兽同归于尽。
逍遥又被传至他家附近的山神庙。他在山神庙中遇到了姥姥和灵儿。姥姥将一条“凤纹手绢”交于逍遥，让他到江边去找“联络人”。逍遥来到江边找到化身为商人的“灵月宫主”。她告诉逍遥要想回去只有将他心底中的愿望实现。
逍遥又来到山神庙附近找到当时只有九岁的李逍遥。看见他的箱子里有一颗很特别的珠子，小逍遥要逍遥用木剑同他换（木剑可以在兵器店中买到），终于逍遥得到了水灵珠。
得到水灵珠逍遥又回到了女娲像前。同阿奴带着凤凰蛋壳和火麒麟角再次找到圣姑。数月后，灵儿生下了一个女儿——李憶如。逍遥十分感谢圣姑，圣姑要他去试炼窟去抓36只傀儡虫。
大理城的西南就是试炼窟。在路上逍遥同盖罗娇大打出手，幸好阿奴及时赶到。逍遥和阿奴随即进入试炼窟（从怪物身上可以得到傀儡虫，拿到36只后可以用土灵珠返回地面）。在试炼窟的尽头有传说中的女娲陵墓（在倒数第二层西北角有一根绳子，顺着向上爬可到达女娲陵墓）。进入陵墓后在大厅的西南方有一堵墙是“幻影”，穿过后在屋子里可以拿到“芦苇漂”（注意：这里也有一堵“幻影墙”）。然后去水边使用芦苇漂，经过几次移动可以顺利到达女娲陵墓，在这里逍遥学会“山神”、“雷神”，阿奴学会“雪妖”、“风神”、“火妖”，并拿到了不少的兵器，用土灵珠返回。
将傀儡虫交于圣姑后，逍遥等人回到大理城。这时，黑苗正来偷袭。三人来到女娲神像面前。巫后显灵告诉灵儿要用爱来化解两族的仇恨，并将圣灵珠、圣灵披风和天蛇杖交于灵儿（别忘记装备上）。灵儿根据母亲的提示来到神殿右侧的祭坛祈雨。将圣灵珠放在祭坛前中央石碑的圆形小孔，祭坛会生起五根石柱，然后将其余的五颗珠子放到这五根石柱上。灵儿念起咒语，一会儿，天降大雨。双方的士兵都停止了战斗。当白苗族人正在举行庆祝大典时，一只地魔兽突然从地下钻了出来。打败地魔兽后，逍遥三人进入地下，顺着地道来到了南绍城。
来到地下王宫，灵儿见到了假冒的巫王。把怪物装扮的巫王打败后，逍遥立刻追赶逃走的拜月教主。这时大家才明白这一切的一切原来是拜月教主一手策划的，三人合力将他打败（准备点隐蛊和药）后。正要为胜利欢呼，谁知突然天摇地动，拜月教主同水魔兽合体，洪水爆发。灵儿飞上天去同拜月教主同归于尽……
大水退去，逍遥和阿奴侥幸逃生，但灵儿却……逍遥怀着悲痛同阿奴告别…